Ngày 19/12/1946, kháng chiến toàn quốc bùng nổ, Chủ tịch Hồ Chí Minh cùng với Văn phòng Trung ương Đảng và Chính phủ rời Thủ đô Hà Nội lên chiến khu Việt Bắc để tiếp tục lãnh đạo nhân dân ta tiến hành cuộc kháng chiến trường kỳ chống thực dân Pháp xâm lược. Tháng 2/1947, toàn thể cán bộ, nhân viên của Văn phòng Chủ tịch phủ đã lên tới Tân Trào (Tuyên Quang) - An toàn khu của Chính phủ kháng chiến. Theo Chỉ thị của Chính phủ, Văn phòng Chủ tịch phủ được đặt tại thôn Hồng Thái (nay là thôn Cả, xã Tân Trào) với bí danh là Trung đội 555, sau đó đổi tên là Ban Thông tin Tháng Tám và Ban Kiểm lâm 13. Giữa năm 1948, sau khi thay đổi nhiều địa điểm, Văn phòng Chủ tịch phủ được chuyển đến đóng tại khu vực thác Rẫng, bên bờ sông Phó Đáy, thuộc thôn Lập Binh. Ở đây, địa thế hiểm trở, nhân dân có tinh thần yêu nước, hết lòng trung thành với Chính phủ, bảo đảm giữ được bí mật, đồng thời tiện liên lạc với nơi ở và làm việc của Chủ tịch Hồ Chí Minh, Trung ương Đảng và các cơ quan khác của Trung ương Đảng và Chính phủ. Văn phòng Chủ tịch phủ thời gian này được giao nhiệm vụ làm đầu mối để phối hợp với các cơ quan chức năng sắp xếp, bố trí cho các bộ, ban, ngành của Chính phủ và các cơ quan Trung ương về đóng tại một số thôn, bản trong vùng An toàn khu. Đây là cơ quan cuối cùng hoàn thành văn bản để ban hành các sắc lệnh của Chủ tịch nước, các nghị định, thông tư của Thủ tướng Chính phủ cũng như các văn kiện của Hội đồng Quốc phòng tối cao; là nơi tổng hợp tình hình và báo cáo của các bộ, ủy ban hành chính các liên khu, các tỉnh để báo cáo lên Chủ tịch nước, Thủ tướng Chính phủ và truyền đạt ý kiến chỉ đạo của Chủ tịch nước và Thủ tướng đến các bộ, ngành và địa phương, phục vụ hoạt động đối ngoại của Đảng và Chính phủ.