Đầu năm 1953, Tiểu đoàn Công binh 333 (nay là Lữ đoàn Công binh 239) do đồng chí Lê Trung Ngôn phụ trách đã lên ATK Kim Quan dựng trụ sở làm việc cho các cơ quan trung ương. Cuối năm 1953, một bộ phận của văn phòng Trung ương Đảng, Chính Phủ đã chuyển từ văn phòng Chủ tịch phủ - Thủ tướng phủ lên ở và làm việc tại đây. Đầu năm 1954, Bác Hồ cũng chuyển lên Kim Quan. Để đảm bảo an toàn bí mật cho Bác, Trung ương Đảng và Chính Phủ, binh chủng công binh đã đào 3 căn hầm bí mật vào sâu trong lòng núi Nà Lơi. Các căn hầm đều được ốp gỗ 3 mặt, câu móc với nhau bằng đinh đỉa chắc chắn.

Ngoài ra, trong cụm di tích ATK Kim Quan còn có di tích Văn phòng Tổng Bí thư - nơi ở và làm việc của Tổng Bí thư Trường Chinh và cán bộ, nhân viên văn phòng Trung ương Đảng; di tích Ban Tổ chức Trung ương - nơi Ban Tổ chức Trung ương ở, làm việc trong kháng chiến chống thực dân Pháp xâm lược từ cuối năm 1953 đến tháng 8/1954.